La Présidence de l’Eurorégion Alpes Méditerranée est organisée sur la base d’un système de rotation tous les six mois. Faisant suite à la Région Piémont, la Région Autonome Vallée d'Aoste assure la présidence de l’Eurorégion pour le 1er semestre 2010 ; la Région Provence-Alpes-Côte d'Azur lui succèdera au 2nd semestre 2010.
> Voir la présentation de la Présidence de la Région Rhône-Alpes
La Conférence des Présidents est composée des Présidents des cinq Régions :
La Conférence des Présidents se réunit plusieurs fois par an, dans la Région qui assure la Présidence, ou à Bruxelles.
Un Comité de pilotage technique se réunit régulièrement pour animer les projets transversaux de l’Eurorégion (communication de l’Eurorégion, coordination des groupes de travail thématiques, stratégie globale de l’Eurorégion…).
Afin de favoriser l’émergence de stratégies et de projets communs au sein de l’Eurorégion Alpes-Méditerranée, cinq groupes thématiques ont été constitués. Chaque groupe, ayant un cahier des charges précis, est animé par une Région :
Pour donner à l’Eurorégion la capacité d’atteindre ses objectifs, les Présidents de l’Eurorégion ont décidé de constituer un Groupement Européen de Coopération Territoriale (GECT), structure qui pilotera l’Eurorégion Alpes-Méditerranée et lui confèrera une existence juridique.
Créé par l’Union européenne en juillet 2006, cet outil facilitera la mise en commun de ressources des cinq Régions et permettra à l’Eurorégion de mener à bien ses initiatives et ses projets. Le GECT pourra ainsi mettre en œuvre pour le compte des Régions des projets de coopération financés par l’Union européenne.
Le GECT disposera également d’un bureau de représentation et d’une équipe administrative à Bruxelles, à proximité des instances de décision administratives et politiques communautaires et européennes.